Im 9. Jahrhundert baute ein alemannischer Siedler Namens Wizilin ein Gehöft. Dieses schenkten die Edlen von Waldhausen 1113 dem Benediktinerkloster in St. Blasien. 1137 wurde das erste kleine Kloster an der Stelle der heutigen Propstei errichtet.
Während des Dreissigjährigen Kriegs (1618 bis 1648), des pfälzischen Eroberungskriegs (1688-1697) und der Spanischen Erbfolgekriege (1701 bis 1714) war die Propstei immer wieder Zufluchtsort für die Mönche aus St. Blasien.
Verschiedene Baustile geben Zeugnis von einem lebendigen Ort der Arbeit und des Gebets.
1807 wurde im Zuge der Säkularisation die Propstei und auch das Mutterkloster St.Blasien aufgehoben. Die Katholische Pfarrei Wislikofen erhielt die Kirche zur freien Verfügung.
1973/5 wurde der vom Einsturz bedrohten Bau saniert. Die alte Baumasse wurde so weit wie möglich erhalten, so dass die Propstei heute als ein historisches Kleinod besteht.
1976 wurde in den ehrwürdigen Räumen des ehemaligen Benediktinerklosters das Bildungs- und Seminarhaus der Röm.-Kath. Landeskirche im Aargau eröffnet.
Die Propstei steht unter Eidgenössischem und Kantonalem Denkmalschutz.
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Röm.-Kath. Kirche im Aargau